Acțiunea romanului se petrece în Principatul Moldovei după uciderea domnitorului patriot Ioan Vodă cel Cumplit (1572-1574) și urcarea pe tron a lui Petru Șchiopul. Un grup de oșteni ai lui Ioan Vodă, refugiați în tabăra cazacilor zaporojeni de pe malurile Niprului, întreprind o incursiune în Moldova pentru a-l așeza pe tron pe Nicoară Potcoavă, fratele domnitorului ucis de turci, și a-l pedepsi pe trădătorul Irimia Golia. Acțiunea din Șoimii a fost reluată, cu mici modificări, în romanul Nicoară Potcoavă (1952), publicat de autor după aproape o jumătate de secol. Subiectul celor două romane este același, dar există deosebiri semnificative de substanță între cele două cărți.