O rápido crescimento da área urbana está a ameaçar a bacia hidrográfica e a reduzir a sua sustentabilidade. Uma vez que o princípio da mitigação do problema da quantidade de água é aumentar a capacidade de armazenamento disponível na bacia hidrográfica, este estudo é efectuado para a avaliação da gestão da bacia hidrográfica utilizando a abordagem da capacidade de retenção da bacia hidrográfica. A principal abordagem deste estudo é o balanço hídrico. É utilizado para verificar a razoabilidade dos dados, para analisar a retenção da bacia hidrográfica e, em seguida, para identificar a solução para os problemas hídricos. O resultado mostra que 31% do total se transforma em descarga fluvial, enquanto 68% se transforma em evapotranspiração e apenas 1% se transforma em armazenamento (águas subterraneas). A capacidade de retenção da bacia hidrográfica de Johor foi calculada em 3885 mm, 14% dos quais provêm da barragem de Linggui, cuja capacidade é de 760 MCM . O histograma da descarga do rio Johor mostra que as secas são mais frequentes do que as cheias. Considerando o volume das cheias e das secas, verifica-se que a melhor opção para atenuar estes problemas é a construção de uma barragem/reservatório. Quando se instala o reservatório com cerca de 1462 MCM, a descarga do rio torna-se a média móvel. Este projeto pode parar as cheias mas reduzir a frequência das secas.